在半个世纪以来进行的三次中医古籍资源调查中，发现将近半数的古籍已成为孤本，这些孤本医书中不乏稀世之珍品。如 宋元以来历代精刻之善本、名医手稿、名家批校本、精写本、刻书底稿、彩绘本草图、经络图、内景图、导引图等，这些宝贵的历史典籍很大一部分由于保管条件不善而风化、糟朽、蛀蚀，面临绝本失传的危险。有鉴于此，自 上世纪90年代开始，中国中医研究院中医药信息研究所开始对孤本医书进行调查研究，并于2000年获得中国中医研究院院长基金的资助，于2004年完成该项调研任务，共 完成4,300多种孤本医书的书目调研和940余种孤本医书的文献调研。在此基础上，遴选出351种最具抢救价值的古籍收入《 中医古籍孤本大全》，影印出版。自1993年至2005年，通过此项工作，共 影印出版了孤本医书55种。目前该项工作仍在进行中。